自上世紀80年代以來，農業部水產品安全檢測與評價重點實驗室在國內較早系統開展水產品質量與安全方面的研究。實驗室圍繞我國現代漁業科技發展的重大戰略需求，瞄準水產品質量安全研究領域的國際前沿，針對行業發展過程中影響水產品質量安全的關鍵和共性技術難題，在基礎與應用基礎、關鍵與共性技術以及行業支撐三個層次上開展研究工作，著力實現我國水產品質量安全水平穩步提升，逐步將實驗室建成為我國水產品質量安全研究和技術創新基地、人才培養基地、學術交流與技術合作中心。實驗室2011年依托農業部農產品質量安全學科群（綜合性實驗室）組建，為學科群內唯一從事水產品質量與安全研究的專業性實驗室，2016年順利通過農業部科教司組織的評審工作。

實驗室現有固定科研人員32人，研究生導師15人，基本涵蓋水產品質量安全研究所需專業領域，先后有4人次入選水科院質量安全學科委員會，1人擔任學科主任和領域首席科學家。現有國家農產品風險評估委員會委員1人、農業部農產品質量安全專家委員會成員3人；中國水科院百名英才培育計劃4人。重點實驗室擁有3500平方米的實驗室，以及500平方米的水生生物實驗室。實驗室建立了完善的儀器設備管理制度，擁有超高效液相色譜儀/四極桿/軌道阱高分辨串聯質譜儀、高效液相色譜等離子體串聯質譜儀、氣相色譜/質譜/質譜串聯聯用儀、液相色譜/質譜/質譜串聯聯用儀、氣相色譜/質譜聯用儀、全自動細菌鑒定、免疫分析系統等大中型精密儀器50余臺件。

近五年來，實驗室共承擔各類科研項目156項，合同經費5368萬元。作為項目依托單位和負責人，主持國家科技支撐計劃（課題）11項、國家科技基礎性工作專項2項、863項目1項、國家自然科學基金14項、國際合作項目2項。共發表學術論文299篇，其中SCI 42篇，EI 8篇，中文核心249篇；參編或主編著作11部；獲發明專利63項，實用新型專利5項；制定國家標準7項，行業標準23項。共獲各類獎項10項。其中，以主持單位獲省部級一等獎2項，二等獎1項，三等獎2項；以參加單位獲省部級一等獎2項，三等獎4項。

實驗室秉承“開放、流動、聯合、競爭”的運行機制，設置開放課題，組織學科群、實驗室內外學術交流，營造良好的學術氛圍。鼓勵年輕人潛心鉆研、自主創新，優化人才、科研經費等科技資源配置，為科研人員創造優越和寬松的科研環境。