國家水產品質量檢驗檢測中心是1985年國務院批準籌建的首批113個國家級產品質量監督檢驗中心之一，通過中國合格評定國家認可委員會（CNAS）3+1評審和農業部農產品質量安全檢驗機構考核，獲得國家認監委和農業部授權的第三方公益性檢驗機構，具有國家食品檢驗復檢機構、農產品質量安全檢驗機構、無公害農產品檢測機構以及農產品地理標志產品檢測機構等資質。全國水產標準化技術委員會水產品加工分技委（TC156/SC3）和全國食品工業標準化技術委員會水產品加工分技委（TC64/SC1）秘書處設于本中心。

中心下設業務辦公室、標準化室、微生物與分子生物學檢驗室、藥殘與生物毒素檢驗室、元素與營養檢驗室，現有工作人員31名，其中研究員4名，副研究員及高級工程師6名，有博士9名、碩士8名、博士后1名。實驗室面積約2500平方米，儀器設備原值約3500萬元，包括超高效液相色譜儀/四極桿/軌道阱高分辨串聯質譜儀、液相色譜/質譜/質譜串聯聯用儀、氣相色譜/質譜/質譜串聯聯用儀、氣相色譜/質譜聯用儀、等離子體質譜儀、原子吸收分光光度計、等離子體發射光譜儀、熒光分光光度計、全自動化熒光酶標免疫測試系統、全自動細菌鑒定及藥敏分析系統、熒光定量PCR儀、超高速真空冷凍離心機等大型儀器100多臺（套）。

中心通過國家認證認可監督管理委員會、中國合格評定國家認可委員會以及農業部授權的15類食品類參數444個，產品99個，飼料參數106個，飼料產品49個，可承擔水產品、水產加工品及漁用飼料等授權范圍內的國家監督抽查、風險監測、仲裁檢驗、新產品鑒定、認證檢驗、產品質量分等分級和鑒定任務，進行檢測技術的研發、標準制修訂、產品質量安全評價與基礎研究，對同類產品質量檢測機構進行技術指導和人員培訓。

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