日前，中國水產(chǎn)科學(xué)研究院黃海水產(chǎn)研究所海水魚蝦流行病學(xué)與病害防控創(chuàng)新團隊與上海交通大學(xué)等單位合作在RNA病毒進化領(lǐng)域取得重要發(fā)現(xiàn)，相關(guān)研究成果發(fā)表在病原學(xué)領(lǐng)域國際著名期刊PLoS Pathogens。

正義單鏈RNA病毒（+ssRNA病毒）與負(fù)義單鏈RNA病毒（-ssRNA病毒）是自然界中兩類主要的單鏈RNA病毒，它們在基因組結(jié)構(gòu)、轉(zhuǎn)錄和復(fù)制策略上存在顯著差異，因此長期以來被認(rèn)為在進化上是相互獨立的。本研究從生存在高鹽生態(tài)系統(tǒng)的古老甲殼動物鹵蟲中鑒定出一種新的正義單鏈RNA病毒（brine shrimp virga-like virus 1, BSVV1），其基因組分析顯示該病毒包含三個開放閱讀框（ORFs），其中ORF1來源于+ssRNA病毒，而ORF2與-ssRNA病毒同源（圖1和圖2）。該團隊利用質(zhì)譜分析技術(shù)成功鑒定出了BSVV1的三個ORFs蛋白產(chǎn)物，證實了BSVV1的基因組結(jié)構(gòu)（圖3）。科研人員進一步開發(fā)了基于TaqMan探針的實時熒光定量（RT-PCR）檢測方法，證實了該病毒在鹵蟲體內(nèi)的復(fù)制能力。

本研究提供了首個正負(fù)義單鏈RNA病毒間重組事件的直接證據(jù)，為理解RNA病毒基因組多樣性和進化的復(fù)雜過程提供了新的見解。

黃海所董宣研究員和碩士研究生張帆為文章的共同第一作者，黃海所黃倢研究員和上海交通大學(xué)上海市病毒研究院史衛(wèi)峰教授為文章的共同通訊作者。該研究得到了悉尼大學(xué)Edward C. Holmes教授、比利時根特大學(xué)Sorgeloos Patrick教授和Hans Nauwynck教授、天津科技大學(xué)亞洲區(qū)域鹵蟲參考中心隋麗英教授、中國科學(xué)院上海藥物研究所高婧高工和周虎教授、山東第一醫(yī)科大學(xué)李辭修教授等專家的支持。該研究得到國家重點研發(fā)計劃青年科學(xué)家項目（2023YFD2402200）、青島市自然科學(xué)基金（23-2-1-181-zyyd-jch）、泰山學(xué)者計劃、山東省重點研發(fā)計劃（2024CXPT071-3）、中國水產(chǎn)科學(xué)研究院基本科研業(yè)務(wù)費（2023TD42）、國家蝦蟹產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系（CARS-48）等項目的資助。

原文鏈接：https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1013015

圖1.BSVV1的基因組結(jié)構(gòu)圖

（A）映射到BSVV1參考序列上的宏轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)。跨越ORF1和ORF2以及跨越ORF2和ORF3的Reads被突出顯示。

（B）預(yù)測的BSVV1全長基因組序列的結(jié)構(gòu)以及三個預(yù)測的開放閱讀框（ORFs）和功能基因。

（C）一代測序引物序列分布，其中F23/R23是跨越ORF1、ORF2和ORF3三個區(qū)域的引物。

圖2.BSVV1和相關(guān)病毒的基因組結(jié)構(gòu)示意圖

圖3.BSVV1的ORF1、ORF2和ORF3蛋白產(chǎn)物的質(zhì)譜分析結(jié)果

（A）ORF1、ORF2和ORF3蛋白產(chǎn)物的一級序列覆蓋圖，鑒定出的肽段用紅色標(biāo)出。

（B, C）ORF1蛋白產(chǎn)物代表肽段的質(zhì)譜注釋圖。

（D, E）ORF2蛋白產(chǎn)物代表性肽段的質(zhì)譜注釋圖。

（F, G）ORF3蛋白產(chǎn)物肽段的質(zhì)譜注釋圖。