中國水產(chǎn)科學(xué)研究院黃海水產(chǎn)研究所陳四清研究員團(tuán)隊(duì)牽頭完成了綠鰭馬面鲀首個(gè)基因組精細(xì)圖譜的繪制工作，相關(guān)研究成果于5月10日在國際重要學(xué)術(shù)刊物Molecular Ecology Resources在線發(fā)表。
綠鰭馬面鲀俗稱“扒皮魚”、“耗兒魚”和“面包魚”，分布于渤海、黃海和東海，肉質(zhì)鮮美，營養(yǎng)豐富，是我國沿海優(yōu)良的經(jīng)濟(jì)性魚類，自然資源匱乏，近年來，隨著規(guī)模化苗種繁育和養(yǎng)殖技術(shù)得到突破，養(yǎng)殖規(guī)模持續(xù)擴(kuò)大。研究人員開展的綠鰭馬面鲀?nèi)蚪M測序和組裝工作，可為遺傳背景解析、種質(zhì)資源保護(hù)和遺傳育種提供支撐。
該研究工作結(jié)合納米孔測序技術(shù)（Nanopore）和染色體構(gòu)象捕獲技術(shù)（Hi-C），組裝獲得474.31 Mb的基因組序列，共242個(gè)contig，contig N50為22.46 Mb，達(dá)到目前魚類基因組contig N50的最高水平。通過Hi-C將99.44%的組裝序列掛載到20個(gè)染色體上，預(yù)測獲得22067個(gè)編碼基因，67.35 Mb的重復(fù)序列。構(gòu)建了基于1872個(gè)單拷貝基因的系統(tǒng)進(jìn)化樹，并鑒定出67個(gè)綠鰭馬面鲀特有的基因家族。
綠鰭馬面鲀基因組精細(xì)圖譜的完成，為解析其生長、抗病等經(jīng)濟(jì)性狀的分子機(jī)制，確定群體遺傳結(jié)構(gòu)奠定了重要基礎(chǔ)。同時(shí)，高質(zhì)量的精細(xì)圖譜為基因組學(xué)研究領(lǐng)域提供有價(jià)值的數(shù)據(jù)資源，有助于比較基因?qū)W相關(guān)研究的開展。
黃海水產(chǎn)研究所邊力、李鳳輝和葛建龍為論文共同第一作者；黃海水產(chǎn)研究所陳四清、邵長偉和青島市海洋科技成果推廣中心林治術(shù)研究員為本論文的共同通訊作者。該研究獲得了山東省重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃等項(xiàng)目的支持。
全文鏈接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1755-0998.13183。
綠鰭馬面鲀
綠鰭馬面鲀與其他硬骨魚類的系統(tǒng)進(jìn)化樹
